[Hiring] Data Scientist (Postdoc) @Leibniz-Institut für Ostseef.

Role Description

Das Leibniz-Institut für Ostseeforschung Warnemünde (IOW) bietet ab frühestmöglichem Eintrittstermin (vorzugsweise ab März 2027) eine befristete Stelle als Datenwissenschaftler:in (Postdoc) in der Abteilung Biologische Ozeanographie für 2 Jahre in 80 % (32 Std./Woche). Die Vergütung erfolgt nach dem Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst der Länder (TV-L) in der Entgeltgruppe E13. Eine individuelle Stufenzuordnung wird geprüft.

Die ausgeschriebene Stelle ist Teil des Projekts: MuCoME - Multi-level Corpus for Microbial Ecology. Dieses Projekt setzt sich mit der begrenzten Wiederverwendbarkeit öffentlicher Metabarcoding-Daten auseinander, indem es:

• Methoden zur Kuratierung und Harmonisierung von Metadaten verbessert,
• Pipelines zur Datenbereinigung und -aggregation entwickelt,
• den langfristigen öffentlichen Zugang über bestehende Dateninfrastrukturen gewährleistet.

Der resultierende Datenkorpus besteht aus:

• einem manuell annotierten Goldstandard für das Training von Natural Language Processing (NLP)-Modellen,
• angereicherten Metadaten für Datensätzen im European Nucleotide Archive (ENA),
• vollständig aufbereiteten Daten zur mikrobiellen Gemeinschaftsforschung, die in die MiCoDa-Datenbank integriert werden.

Die Stelle liegt somit an der Schnittstelle von Forschungsdatenmanagement, Bioinformatik und NLP. Zu Ihren Aufgaben gehören:

• Abrufen und Verknüpfen öffentlicher Metabarcoding-Sequenzdatensätze mit wissenschaftlichen Artikeln über APIs.
• Mitwirkung beim Aufbau eines Wissensgraphen und eines annotierten Goldstandards zur Extraktion strukturierter Metadaten aus unstrukturierten Texten.
• Entwicklung bioinformatischer Workflows zur Automatisierung der Metadaten-Beschaffung und -Kuratierung.
• Veröffentlichung der kuratierten Metadaten über das ENA Clearing House.
• Verfassen wissenschaftlicher Publikationen und Mitwirkung an Veröffentlichungen.

Im Rahmen des MuCoME-Projekts erwerben Sie interdisziplinäres Know-how mit guten Karriereaussichten in verschiedenen Bereichen der Datenwissenschaften. Vernetzungsmöglichkeiten umfassen die NFDI-Konsortien 4Biodiversity und 4Microbiota sowie die Teilnahme an internationalen Konferenzen.

Qualifications

• Promotion in Biologie, Bioinformatik, Data Science oder einem verwandten Fach.
• Fundierte Erfahrung in Bioinformatik und Sequenzdatenanalyse.
• Sehr gute Kenntnisse in Programmiersprachen (Python, R, Bash).
• Ausgeprägte Schreibkompetenz im Verfassen wissenschaftlicher Artikel.
• Sehr gute Kommunikationsfähigkeiten in Englisch.
• Hohe Selbstständigkeit und ausgeprägte Organisationsfähigkeit.
• Kooperative, teamorientierte Arbeitsweise.
• Hohe Motivation für interdisziplinäre Forschung an der Schnittstelle von Bioinformatik, Datenmanagement und NLP.
• Engagement für offene und reproduzierbare Wissenschaftspraktiken.
• Erfahrung mit der Archivierung von Sequenzdaten, Metadaten-Standards (z. B. MIxS) und Datenharmonisierung.
• Praktische Erfahrung mit API-Integrationen zur großskaligen Datenbeschaffung und regex-basierter Textanalyse wäre von Vorteil.
• Kenntnisse in Workflow-Management-Systemen (Snakemake, Nextflow) und Common Workflow Language (CWL) wären von Vorteil.

Benefits

• Abwechslungsreicher Arbeitsplatz in unmittelbarer Nähe der Ostsee.
• Flexible Arbeitsgestaltung und Möglichkeit für mobiles Arbeiten.
• Betriebliche Gesundheitsmaßnahmen.
• Jahressonderzahlung.
• Altersvorsorge (VBL).
• 30 Tage Urlaub im Jahr.
• Frei am Heiligen Abend und Silvester.
• Qualifizierungs- und Fortbildungsmöglichkeiten.
• Familiäres Arbeitsklima mit kurzen Wegen und verbindlichen Entscheidungen.
• Cafeteria und kostenfreie Parkplätze.
• Unterstützungsangebote bei der Vereinbarkeit von Beruf und Familie.
• Moderne Labor- und Büroausstattung auch auf dem eigenen Forschungsschiff.

How to Apply

Bitte senden Sie uns Ihre aussagekräftigen Bewerbungsunterlagen bestehend aus einem Anschreiben, das relevante Tätigkeiten und Erfahrungen beschreibt, Lebenslauf, Kopien Ihrer Zeugnisse / Zertifikate, und den Kontaktinformationen von zwei Referenzen.

Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung unter Angabe des Kennwortes: Bio 02/2026 als gebündelte PDF-Datei bis zum 09.12.2026 an:

• [email protected]
• Leibniz-Institut für Ostseeforschung Warnemünde
• Personalabteilung
• Seestraße 15
• 18119 Rostock

Die Bewerbungsgespräche finden voraussichtlich am 12.01.2027 statt. Ihre Bewerbungs- und Reisekosten können wir leider nicht übernehmen. Online Teilnahme an dem Bewerbungsgespräch ist möglich.

Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an:

• Dr. Christiane Hassenrück
• Arbeitsgruppe: Bioinformatics & ‘omics data science
• Abteilung: Biological Oceanography
• Leibniz Institute for Baltic Sea Research Warnemünde (IOW)
• Seestrasse 15
• 18119 Rostock-Warnemünde, Germany
• Phone: +49 (0)381 5197 227
• Email: [email protected]
• Website: https://www.iow.de/christiane-hassenrueck-en.html